南瓜雖然是一種好東西但是也不能吃多，食用過量可能會出現燒心、嘔吐等現象，也會影響我們的血色，這點愛美的女士得注意了。專家的解釋是由于攝取過多的胡蘿卜素而產生胡蘿卜素黃皮癥。胡蘿卜素沉淀在我們表皮的角質層當中會使鼻子、前額、手掌、腳掌、眼睛周圍、指甲旁等皮膚呈現檸檬黃色。所以南瓜最好是跟其他的果蔬一起搭配，且不要當做一天三餐食用。

在搭配方面，南瓜不可與相克的蝦、鯉魚、帶魚、螃蟹等食物同食，不然會導致嘔吐、腹瀉等食物中毒癥狀。再者南瓜還有一定量的維生素C分解酶，這也就使得南瓜不宜與含維生素C豐富的蔬菜（紅棗、番茄、菠菜、白菜、、油菜、椰菜）一起食用，避免損耗維營養物質生素C。《本草綱目》也有告誡南瓜與羊肉同食會令人氣壅，這是由于它們的補中益氣與大熱補虛性質相克。

一般來說南瓜是一種大眾食材，特別適合肥胖和高糖高血壓者，但是南瓜性溫，胃熱熾盛者、氣滯中滿者、濕熱氣滯者要少吃，患有腳氣、黃疸、氣滯濕阻病者也是要避免食用南瓜的。