有機大米不是轉基因大米，有機大米和轉基因大米是不同層次的概念。有機主要指生產方式，而轉基因更多在于育種方法上。

有機大米使用的是常規水稻育種。常規水稻是通過系統選育、雜交育種、輻射育種和化學誘變等方法培育的純系品種，目前我國種植的大米大部分品種均為常規水稻。常規水稻在整個研發過程中，從未涉及轉基因技術。而轉基因水稻是通過轉基因方法培育的水稻品種。所謂轉基因是將基因人工轉移的一種技術，它將人工分離和修飾過的基因轉移到生物體的基因組中，由于導入基因的表達，引起生物體性狀可遺傳的變異，利用這種變異培育新品種。例如，通過轉基因技術將胡蘿卜素轉化酶系統轉入到大米胚乳中可獲得外表為金黃色的轉基因大米。

我國規定優質大米的生產分為無公害、綠色和有機三大類，三者的差別在于生產時所要求的土、水、氣等環境條件和所用的化肥、農藥等投入品不同，與使用品種無關，三者均需通過農委相關管理部門的認證。因此，有機大米只是優質大米的一種，與轉基因沒有關系。