新生兒結膜炎一般在寶寶出生后5-14天發病，寶寶會出現的癥狀為眼瞼腫脹，瞼結膜發紅、水腫，同時伴有分泌物，初為白色，但可能很快轉為膿性，因此出現黃白色帶膿性的分泌物。

發病開始可能是一側眼部，但隨著病情發展可使另一側眼睛受到累及，如未及時護理治療，炎癥可侵犯角膜。有的寶寶還會產生遠期眼部不良后遺癥，如視力受影響。