味噌拉面的主要特色來源于其中的味噌，但是味噌是不耐煮的，因此在煮拉面的高湯時，味噌應該是最后才放，通常是在其他材料都煮熟之后，將要熄火之前稍稍煮一下，這樣才能避免味噌香味的流失。如果要用味噌燉煮事物的話，可以分兩次增加味噌，第一次是為了讓食材入味，可以早點放，第二次在起鍋前放，意在用味噌提香。

日本的味噌是有所區別的，主要分為三大類，分別有米、麥蒸后，通過霉菌繁殖，再與蒸煮的大豆、鹽混合制得的米味噌、麥味噌，以及直接在蒸大豆上使霉菌生長而制得的豆味噌，但是由于這些材料的產地不同，味噌會有一些地方特色，顏色和味道會有所區別，大家可以都試試，選出怎么喜歡的風味。