輸卵管妊娠因為是在發生在輸卵管中，所以患者最明顯癥狀就是腹痛。腹痛最開始的話會在患側下腹劇烈疼痛，好像撕裂一樣的疼痛，慢慢地還可能會整個腹部都感到疼痛。疼痛的程度和性質都會因為內出血的量和速度有關。輸卵管流產的話出血量比較少，也比較慢，疼痛不會太劇烈。但如果是輸卵管破裂，出血就會比較多而且快，疼痛比較劇烈。有些患者在腹痛的同時，還會有頭暈、眼花、出冷汗、心悸，甚至暈厥的現象出現。

輸卵管妊娠往往有停經。停經的時間長短適合輸卵管妊娠部位有關。如果月經一向比較規律的婦女，在月經過期的幾天如果出現內出血現象的話就有可能是輸卵管妊娠。輸卵管妊娠一般在妊娠3到4個月的時候發生破裂，然后出現閉經。除閉經外，因為輸卵管妊娠的終止會導致女性內分泌變化，所以會有子宮內膜壞死的現象，導致子宮出血，表現為陰道不規則出血。