母乳喂養引起腹瀉，可能是母乳中的前列腺素含量較高，這種物質促進小腸平滑肌運動，增加水和電解質的分泌而產生稀便。

母乳性腹瀉的原因可能是小兒對乳糖不耐受，體內缺乏乳糖酶。乳糖不耐受分原發性和繼發性兩類，可用醋酸鉛法測定患兒糞便中乳糖量以初篩，再用去乳糖飲食后迅速見效來證實。

出現所謂生理性母乳性腹瀉時，媽媽大可不必過于著急，不要為了大便成形而改喂牛奶，如果單純為了形成大便，而改喂牛奶，反倒不利于孩子的吸收，容易造成營養不良，導致饑餓性腹瀉。