無腦兒是因為受精軟分裂分化畸形造成的，受精軟在條件合適的情況下開始分裂，經過囊胚期，原腸胚期后形成胚胎（即幼兒的雛形），而原腸胚期的細胞，已經初步有細胞分化，分為中胚層，外胚層和內胚層，外胚層形成神經系統，表皮，感覺器官；中胚層形成骨骼、肌肉，循環系統和排泄生殖系統；內胚層形成內臟等器官，而無腦兒則是因為外胚層分化畸形或者是發育不良造成的，還有一個原因是因為受精卵分裂的時候兩極分裂歧化，核黃素缺乏所造成的。