全身體格檢查不像普通檢查一樣，它是有一定的順序的。通常在醫院醫生都會按照一定順序給被檢查者檢查身體。規范的邏輯順序，可以加快醫生檢查的功效效率，也可以減少被檢查者的不適合和體位的變動。

全身體格檢查的順序基本是按照從頭部到腳部進行的，特殊情況除外。

在全身體格檢查的順序中，還分為臥位患者和坐位患者的順序，它們檢查的順序有所區別。

臥位患者的全身體格檢查順序：

一般情況和生命征→頭頸部→前、側胸部（心、肺）→（患者取坐位）后背部（包括肺、脊柱、腎區、骶部）→（臥位）腹部→上肢、下肢→肛門直腸→外生殖器→神經系統（最后站立位）。

坐位患者的全身體格檢查順序：

一般情況和生命征→上肢→頭頸部→后背部（包括肺、脊柱、腎區、骶部）→（患者取臥位）前胸部、側胸部（心、肺）→腹部→下肢→肛門直腸→外生殖器→神經系統（最后站立位）。

分段、按步驟的檢查順序可以方便而且集中的讓檢查順利完成，并且在檢查的過程中，被檢查中僅僅有兩三次的體位變化，提升了效率。