耳朵上的穴位眾多，在進行耳針療法時應該按照一定的原則來取穴，才能更好更安全的進行治療。不同的疾病應該按照相應部位來取穴，穴位一般都是對于人體的器官，如果是有胃病，應該選取胃穴，咽喉類的疾病應該選取咽喉穴。中醫理論有很多，在適當的時候可以根據一些常用理論如“腎開竅于耳”、“肺在皮毛”等，可知如有耳鳴可選腎穴、有皮膚病則取肺穴。

除了理論，也要根據臨床經驗來進行取穴，在用耳針療法時一般選取2-3個穴位為佳。患者在進行耳針療法時應該到正規的醫院進行，這樣治療效果才有所保障。