一些特殊生理狀況的嬰兒，需要食用經過特別加工處理的嬰兒配方食品。此類嬰兒配方食品，需經醫師、營養師指示后，才可食用，依其成分特性又可進一步分為五種不同的配方奶粉，分別是不含乳糖之嬰兒配方奶、部份水解奶粉、完全水解奶粉、元素配方奶粉和早產兒配方奶粉。每種奶粉都針對不同體質、不同年齡的寶寶們。

1、不含乳糖之嬰兒配方奶：適用于對乳糖無法耐受的嬰兒。可分為：以牛乳為基礎之無乳糖嬰兒配方奶，以及以黃豆為基礎之無乳糖嬰兒配方奶粉。

2、部份水解奶粉：適用于較輕度的腹瀉或過敏之嬰兒。

3、完全水解奶粉：適用于過敏或短腸癥候群之嬰兒。

4、元素配方奶粉：適用于最嚴重的慢性腹瀉、過敏或短腸癥候群之嬰兒。

5、早產兒配方奶粉：適合早產兒使用。