雖然益母草在對付很多女性問題上的效果都很贊，但是對于益母草的副作用也是要引起很大關注的，因為益母草雖然有很多作用，但是它在某些方面還是存在弊端的，像是益母草含有微毒性，在動物身上實驗有過致動物死亡的結果。而在益母草雖然在產后對縮宮效果很好，但是益母草卻有著會讓孕婦流產的潛在危機，傳有實驗者拿家兔做實驗，而益母草確實是會造成家兔流產，所以不建議孕婦食用益母草。

據悉益母草還會導致過敏反應，傳患者會表現為胸悶心慌、皮膚發紅、呼吸加快。過量服用益母草膏后能出現腹瀉腹痛等癥狀，傳益母草具有腎毒性。動物實驗表明，益母草可引起大鼠腎間質輕度炎癥及少量纖維組織增生、腎小管輕度脂肪變，而在臨床上也有人因食用益母草而導致急性腎功能衰竭的報道。

雖然益母草可以針對治療女性身上的很多婦科方面的疾病，但是在小老鼠身上試驗，卻意外的發現益母草居然能促進乳腺癌的增長，而因為沒有確切的資料可以證實，所以益母草和乳腺癌之間的關系也很曖昧。