木瓜中的番木瓜堿對人體微有毒性，因此每次食用不宜過多，多吃會損筋骨、損腰部和膝蓋，另外過敏體質者應慎食。體質虛弱及脾胃虛寒的人，不要食用經過冰凍后的木瓜。下部腰膝無力，由于精血虛、真陰不足者不宜用。

傷食脾胃未虛、積滯多者，不宜用。 木瓜與油炸食物同食，會引起腸胃不適，并可能導致腹瀉、嘔吐。木瓜不可與海鮮一起吃。可能會導致腹痛頭暈，食物中毒。木瓜不可與南瓜一起吃。會降低營養價值。木瓜不可與四環素以及補鐵類食物一起吃。木瓜不可與油炸食物一起吃。容易引起腸胃不適，嚴重者可能導致腹瀉、嘔吐等癥狀。木瓜不可與人參一起吃。